O Encontro das Águas foi tombado como patrimônio histórico e cultural pelo Iphan em novembro de 2010. Pelo termo de tombamento, os dez quilômetros do Encontro das Águas estão protegidos, além de 30 quilômetros quadrados ao seu redor, o que compreende aos bairros manauaras de Mauazinho e Colônia Antônio Aleixo, a comunidade Terra Nova, a Ilha Xiborena e matas próximas