O Instituto que reúne oito universidades brasileiras e sete europeias trabalha em cinco eixos estruturadores: políticas, humanidades e artes, saúde e biologia, tecnologias e ciências. Segundo o coordenador do IBE, Moacir Martuti, as ações da entidade vão desde a geração de conhecimentos, passando pela mobilidade de estudantes, pesquisadores e professores, até os projetos de pesquisa.